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福建醫科大學是福建省重點建設高校之一，其前身是創辦于1937年的福建省立醫學專科學校。1939年改名為福建省立醫學院。1949年改稱福建醫學院。1969年，與福建中醫學院、華僑大學醫療系合并，成立福建醫科大學。1982年更名為福建醫學院。1996年4月更名為福建醫科大學，教育部“卓越醫生教育培養計劃”試點高校。